鹽堿地小麥要高產，選用化肥是關鍵。
化肥有酸性、堿性和中性之分。酸性和中性化肥可在鹽堿地上施用，堿性肥料避免在鹽堿地上施用。如尿素、碳酸氫銨、***等在土壤中不殘留雜質，不會增加土壤鹽分和堿性，適宜在鹽堿地上施用。硫酸銨是生理酸性肥料，肥料中的銨被小麥吸取后，殘留的硫酸根可降低土壤堿性，也可在鹽堿地施用。石灰氮、草木灰等堿性肥料不適宜在鹽堿地上施用。硝酸鈉屬生理堿性肥料，肥料中的硝酸根離子被小麥吸取后，殘留的鈉不僅會增加土壤鹽分，而且會使土壤堿性提高。鹽堿地小麥也適宜施用氯化銨。給鹽地小麥施用磷肥，應選用過磷酸鈣，施用鈣鎂磷肥會提高土壤堿性。
此外，鹽堿地小麥施用化肥，應配合施用有機肥，這樣既可補充多種營養，又有利于降低土壤溶液濃度，減輕鹽堿危害。化肥應少量多次施用，以免土壤溶液濃度驟然升高，影響小麥吸取和生長。 銨態氮肥在鹽堿地上施用易引起氨揮發，要深施埋嚴。